質問

個人診療所にかかる確定申告関係の税務関係の書類はいつまで保存しておけばよいのでしょう？？

回答

申告期限から7年と覚えておいていただけると間違いないかと。

一方で参考までに。

カルテは5年保存（医師法24条2項）
カルテ以外の療養の給付の担当に関する帳簿及び書類その他の記録は3年
（保険医療機関及び保険医療療養担当者規則9条）

その他の書類もそれぞれ法律に定められているものがありますので要注意です。